합병, 분할, 영업양수 등 M&A 과정에서는 회사가 의도하지 않아도 자기주식이 발생합니다. 종전에는 이를 장기간 보유하는 것이 가능했으나, 2026년 3월 6일 공포와 동시에 시행된 개정 상법이 자기주식의 1년 내 소각을 원칙으로 의무화하면서 M&A 이후 자기주식 정리가 기한이 정해진 과제가 되었습니다.
[M&A 과정에서 자기주식이 발생하는 경로]
자기주식은 원칙적으로 배당가능이익의 범위에서만 취득할 수 있으나, 상법 제341조의2는 특정한 목적이 있는 경우 그 제한 없이 취득할 수 있도록 하고 있습니다. 해당 사유는 회사의 합병 또는 다른 회사의 영업 전부의 양수로 인한 경우, 회사의 권리를 실행함에 있어 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 경우, 단주의 처리를 위하여 필요한 경우, 주주가 주식매수청구권을 행사한 경우입니다.
실무에서 가장 흔한 경로는 두 가지입니다. 첫째, 소멸회사가 존속회사의 주식을 보유하고 있던 경우 합병으로 그 재산이 포괄승계되면서 존속회사의 자기주식이 됩니다. 둘째, 합병·분할합병·영업 전부의 양도 등에 반대하는 주주가 주식매수청구권을 행사하여 회사가 그 주식을 매수하면 자기주식이 됩니다. 이 밖에 영업 전부 양수 재산에 양수회사 주식이 포함된 경우, 합병비율 적용 과정에서 단주가 발생하는 경우에도 자기주식이 생길 수 있습니다.
[개정 상법의 소각의무]
개정 상법 제341조의4 제1항은 회사가 자기주식을 취득한 때에는 취득한 날부터 1년 이내에 이사회 결의로 소각하도록 의무화하였으며, 이 의무는 상장회사와 비상장회사를 구분하지 않고 적용됩니다. 또한 개정 상법 제341조의3 제1항은 자기주식에 의결권, 신주인수권, 준비금의 자본금 전입에 따라 주식을 발행받을 권리, 이익배당을 받을 권리 등이 없음을 명문으로 규정하여 자기주식의 성격을 분명히 하였습니다.
의무를 이행하지 않는 경우 제재가 따릅니다. 주주총회 승인 없이 취득일부터 1년 이내에 소각하지 않거나 자기주식보유처분계획을 위반하여 보유·처분한 경우, 해당 이사 개인에게 과태료가 부과될 수 있습니다.
[예외 — 자기주식보유처분계획과 주주총회 승인]
개정 상법 제341조의4 제2항은 일정한 사유에 해당하고 회사가 자기주식보유처분계획을 작성하여 주주총회의 승인을 받은 때에는 그 승인된 계획에 따라 보유 또는 처분할 수 있도록 하고 있습니다. 예외 사유는 각 주주에게 그가 가진 주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 처분하는 경우, 주식매수선택권 부여 등 임직원 보상을 위한 경우, 우리사주매수선택권 부여 등 우리사주제도와 관련된 경우, 법령에서 정하는 경우, 신기술의 도입이나 재무구조의 개선 등 회사의 경영상 목적을 달성하기 위한 경우입니다.
여기서 실무상 중요한 구분이 있습니다. 법이 직접 열거한 앞의 사유들은 별도의 정관 규정 없이 활용할 수 있으나, 경영상 목적을 근거로 자기주식을 계속 보유하려는 회사는 주주총회 특별결의로 그 사유를 정관에 미리 규정해 두어야 합니다. 자기주식보유처분계획에는 보유·처분의 목적, 대상 자기주식의 종류와 수 및 취득방법, 발행주식총수 대비 자기주식 비율의 변화, 예정된 보유 기간과 처분 시기 등을 기재하고 이사 전원이 기명날인 또는 서명하여야 하며, 매 사업연도 정기주주총회에서 갱신 승인을 받아야 합니다.
[소각 절차와 변경등기]
종전에는 배당가능이익으로 취득한 자기주식과 달리 특정 목적으로 취득한 자기주식의 소각 절차에 관하여 논의가 있었으나, 이번 개정에서는 특정 목적으로 취득한 자기주식도 자본금 감소 절차를 거치지 않고 이사회 결의만으로 소각할 수 있도록 정비되어 절차 부담이 완화되었습니다.
소각으로 발행주식의 총수가 감소하므로 변경등기를 하여야 합니다. 이 경우 자본금은 변동하지 않고 발행주식총수만 감소하는 것이 원칙이므로, 등기 내용을 정확히 구분하여 반영해야 합니다.
[합병·분할 시 자기주식에 대한 신주배정 금지]
개정 상법 제530조의13은 분할 또는 분할합병을 하는 경우 단순분할신설회사, 분할합병신설회사 또는 분할승계회사가 분할회사의 자기주식에 대하여 신주를 배정하여서는 아니 되고, 분할회사는 자기주식을 그 회사들에 이전하여서도 아니 된다고 규정하며, 합병의 경우에도 같은 취지의 규정이 마련되었습니다. 종전에는 자기주식을 보유한 상태에서 분할 시 그 자기주식에 신설회사의 신주가 배정되어 지배력이 강화되는 결과가 생길 수 있었으나, 개정법은 이를 차단하였습니다. 지배구조 개편을 계획하는 회사는 자기주식의 처리를 다시 검토하여야 합니다.
[경과조치]
개정법 시행 전부터 보유하던 자기주식도 정리 대상이며, 새로 취득하는 자기주식은 취득일부터 1년 이내가 기준이고 시행 당시 이미 보유하던 자기주식에는 유예 기간이 부여되어 있습니다. 아울러 법령상 외국인 지분비율 제한을 받는 업종의 회사가 자기주식 소각으로 해당 비율을 초과하게 되는 경우에는 부칙에서 별도의 처분 기간을 두는 예외가 마련되어 있습니다.
[바른길합동법무사 실무 기준]
바른길합동법무사에서는 합병·분할 등기를 진행하거나 그 이후 정리 절차를 의뢰받을 때 자기주식의 발생 여부를 먼저 확인합니다. 소멸회사가 보유하던 주식의 승계, 주식매수청구권 행사에 따른 취득, 단주 처리 등 발생 경로에 따라 정리 방향이 달라지기 때문입니다.
자기주식이 확인되면 소각할 것인지, 예외 사유에 따라 보유·처분계획을 주주총회 승인으로 진행할 것인지를 검토합니다. 경영상 목적을 근거로 계속 보유하려는 경우에는 정관에 사유를 규정하여야 하므로 정관 변경과 그에 따른 등기 일정까지 함께 설계하며, 소각으로 진행하는 경우에는 이사회 결의와 의사록을 갖추고 감소한 발행주식총수를 반영하는 변경등기를 기간 내에 신청합니다.
M&A로 발생한 자기주식은 회사가 의도하여 취득한 것이 아니어서 간과하기 쉬우나, 개정법 시행으로 기한이 정해진 정리 대상이 되었습니다. 합병 등기를 마쳤다면 자기주식 발생 여부를 확인하는 것부터 시작하는 것이 필요합니다.
사안별로 구체적인 판단이 달라질 수 있습니다.
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본 칼럼은 바른길합동법무사의 실무 경험과 현행 법령을 기준으로 작성된 일반적인 정보 제공 자료입니다. 개별 사안의 사실관계, 회사 구조, 정관 내용, 관할 여부 등에 따라 적용되는 절차와 판단은 달라질 수 있습니다. 본문 내용은 법률적 자문이나 구체적인 사안에 대한 판단을 대체하지 않으며, 실제 업무 적용 시에는 사안별 검토가 필요합니다.
[관련구성원 : sol-les, cpa-jhy, expert-lsj, expert-lsy]
합병, 분할, 영업양수 등 M&A 과정에서는 회사가 의도하지 않아도 자기주식이 발생합니다. 종전에는 이를 장기간 보유하는 것이 가능했으나, 2026년 3월 6일 공포와 동시에 시행된 개정 상법이 자기주식의 1년 내 소각을 원칙으로 의무화하면서 M&A 이후 자기주식 정리가 기한이 정해진 과제가 되었습니다.
[M&A 과정에서 자기주식이 발생하는 경로]
자기주식은 원칙적으로 배당가능이익의 범위에서만 취득할 수 있으나, 상법 제341조의2는 특정한 목적이 있는 경우 그 제한 없이 취득할 수 있도록 하고 있습니다. 해당 사유는 회사의 합병 또는 다른 회사의 영업 전부의 양수로 인한 경우, 회사의 권리를 실행함에 있어 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 경우, 단주의 처리를 위하여 필요한 경우, 주주가 주식매수청구권을 행사한 경우입니다.
실무에서 가장 흔한 경로는 두 가지입니다. 첫째, 소멸회사가 존속회사의 주식을 보유하고 있던 경우 합병으로 그 재산이 포괄승계되면서 존속회사의 자기주식이 됩니다. 둘째, 합병·분할합병·영업 전부의 양도 등에 반대하는 주주가 주식매수청구권을 행사하여 회사가 그 주식을 매수하면 자기주식이 됩니다. 이 밖에 영업 전부 양수 재산에 양수회사 주식이 포함된 경우, 합병비율 적용 과정에서 단주가 발생하는 경우에도 자기주식이 생길 수 있습니다.
[개정 상법의 소각의무]
개정 상법 제341조의4 제1항은 회사가 자기주식을 취득한 때에는 취득한 날부터 1년 이내에 이사회 결의로 소각하도록 의무화하였으며, 이 의무는 상장회사와 비상장회사를 구분하지 않고 적용됩니다. 또한 개정 상법 제341조의3 제1항은 자기주식에 의결권, 신주인수권, 준비금의 자본금 전입에 따라 주식을 발행받을 권리, 이익배당을 받을 권리 등이 없음을 명문으로 규정하여 자기주식의 성격을 분명히 하였습니다.
의무를 이행하지 않는 경우 제재가 따릅니다. 주주총회 승인 없이 취득일부터 1년 이내에 소각하지 않거나 자기주식보유처분계획을 위반하여 보유·처분한 경우, 해당 이사 개인에게 과태료가 부과될 수 있습니다.
[예외 — 자기주식보유처분계획과 주주총회 승인]
개정 상법 제341조의4 제2항은 일정한 사유에 해당하고 회사가 자기주식보유처분계획을 작성하여 주주총회의 승인을 받은 때에는 그 승인된 계획에 따라 보유 또는 처분할 수 있도록 하고 있습니다. 예외 사유는 각 주주에게 그가 가진 주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 처분하는 경우, 주식매수선택권 부여 등 임직원 보상을 위한 경우, 우리사주매수선택권 부여 등 우리사주제도와 관련된 경우, 법령에서 정하는 경우, 신기술의 도입이나 재무구조의 개선 등 회사의 경영상 목적을 달성하기 위한 경우입니다.
여기서 실무상 중요한 구분이 있습니다. 법이 직접 열거한 앞의 사유들은 별도의 정관 규정 없이 활용할 수 있으나, 경영상 목적을 근거로 자기주식을 계속 보유하려는 회사는 주주총회 특별결의로 그 사유를 정관에 미리 규정해 두어야 합니다. 자기주식보유처분계획에는 보유·처분의 목적, 대상 자기주식의 종류와 수 및 취득방법, 발행주식총수 대비 자기주식 비율의 변화, 예정된 보유 기간과 처분 시기 등을 기재하고 이사 전원이 기명날인 또는 서명하여야 하며, 매 사업연도 정기주주총회에서 갱신 승인을 받아야 합니다.
[소각 절차와 변경등기]
종전에는 배당가능이익으로 취득한 자기주식과 달리 특정 목적으로 취득한 자기주식의 소각 절차에 관하여 논의가 있었으나, 이번 개정에서는 특정 목적으로 취득한 자기주식도 자본금 감소 절차를 거치지 않고 이사회 결의만으로 소각할 수 있도록 정비되어 절차 부담이 완화되었습니다.
소각으로 발행주식의 총수가 감소하므로 변경등기를 하여야 합니다. 이 경우 자본금은 변동하지 않고 발행주식총수만 감소하는 것이 원칙이므로, 등기 내용을 정확히 구분하여 반영해야 합니다.
[합병·분할 시 자기주식에 대한 신주배정 금지]
개정 상법 제530조의13은 분할 또는 분할합병을 하는 경우 단순분할신설회사, 분할합병신설회사 또는 분할승계회사가 분할회사의 자기주식에 대하여 신주를 배정하여서는 아니 되고, 분할회사는 자기주식을 그 회사들에 이전하여서도 아니 된다고 규정하며, 합병의 경우에도 같은 취지의 규정이 마련되었습니다. 종전에는 자기주식을 보유한 상태에서 분할 시 그 자기주식에 신설회사의 신주가 배정되어 지배력이 강화되는 결과가 생길 수 있었으나, 개정법은 이를 차단하였습니다. 지배구조 개편을 계획하는 회사는 자기주식의 처리를 다시 검토하여야 합니다.
[경과조치]
개정법 시행 전부터 보유하던 자기주식도 정리 대상이며, 새로 취득하는 자기주식은 취득일부터 1년 이내가 기준이고 시행 당시 이미 보유하던 자기주식에는 유예 기간이 부여되어 있습니다. 아울러 법령상 외국인 지분비율 제한을 받는 업종의 회사가 자기주식 소각으로 해당 비율을 초과하게 되는 경우에는 부칙에서 별도의 처분 기간을 두는 예외가 마련되어 있습니다.
[바른길합동법무사 실무 기준]
바른길합동법무사에서는 합병·분할 등기를 진행하거나 그 이후 정리 절차를 의뢰받을 때 자기주식의 발생 여부를 먼저 확인합니다. 소멸회사가 보유하던 주식의 승계, 주식매수청구권 행사에 따른 취득, 단주 처리 등 발생 경로에 따라 정리 방향이 달라지기 때문입니다.
자기주식이 확인되면 소각할 것인지, 예외 사유에 따라 보유·처분계획을 주주총회 승인으로 진행할 것인지를 검토합니다. 경영상 목적을 근거로 계속 보유하려는 경우에는 정관에 사유를 규정하여야 하므로 정관 변경과 그에 따른 등기 일정까지 함께 설계하며, 소각으로 진행하는 경우에는 이사회 결의와 의사록을 갖추고 감소한 발행주식총수를 반영하는 변경등기를 기간 내에 신청합니다.
M&A로 발생한 자기주식은 회사가 의도하여 취득한 것이 아니어서 간과하기 쉬우나, 개정법 시행으로 기한이 정해진 정리 대상이 되었습니다. 합병 등기를 마쳤다면 자기주식 발생 여부를 확인하는 것부터 시작하는 것이 필요합니다.
사안별로 구체적인 판단이 달라질 수 있습니다.
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본 칼럼은 바른길합동법무사의 실무 경험과 현행 법령을 기준으로 작성된 일반적인 정보 제공 자료입니다. 개별 사안의 사실관계, 회사 구조, 정관 내용, 관할 여부 등에 따라 적용되는 절차와 판단은 달라질 수 있습니다. 본문 내용은 법률적 자문이나 구체적인 사안에 대한 판단을 대체하지 않으며, 실제 업무 적용 시에는 사안별 검토가 필요합니다.
작성자 : 바른길합동법무사
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